早くも明朝に、東南沿海で活動する倭寇を防ぐために、中国は釣魚島を防衛区域に組み入れていた。1561年（明•嘉靖40年）に、明朝の東南沿海駐屯軍最高司令官胡宗憲が監修し、鄭若曽が編纂した『籌海図編』には、釣魚島などの島嶼が「沿海山沙図」に明確に表示され、明朝の海防範囲に組み入れられている。1605年（明•万暦33年）徐必達らが作成した『乾坤一統海防全図』と1621年（明•天啓元年）茅元儀が作成した中国海防図『武備誌•海防二•福建沿海山沙図』も、釣魚島などの島嶼が中国の国境内に組み入れている。
清朝は明朝のやり方を踏襲し、引き続き釣魚島などの島嶼を中国の海防範囲に組み入れたのみならず、それらの島嶼を台湾地方政府の行政管轄下に明確に編入した。清朝の『台湾府誌』及び黄叔璥が編集した『台海使槎録』などの政府の文献には、釣魚島に対する管轄状況を詳細に記載している。1871年（清•同治10年）に刊行された陳寿祺らが編纂した『重纂福建通誌』巻八十六には、釣魚島を海防の要衝とし、台湾府クバラン庁（現•台湾省宜蘭県）の管轄下に置いたと記されている。1872年、周懋琦が編纂した『全台図説』も釣魚島に関する記載を残している。